refactor: apply repository naming contract

Apply the accepted pre-release package, service, type, directory, and role renames as one repository-wide change.

docs/user/develop/framework/service.zh.md

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 在 Harness 中，`tools`、`llm`、`agents` 都是服务。服务是挂载在 `ctx` 上的命名能力：
 
 ```ts ignore-check
-ctx.tools    // ToolRegistry service
+ctx.tools    // ToolRuntime service
 ctx.llm      // LLM service
 ctx.agents   // Agent service
 ```